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參考文獻應(yīng)該不算，因為提供的參考文獻主要用于確定正文中重復(fù)的地方是否屬于引用。

做標(biāo)記的地方應(yīng)該就不算了吧。

首先可以明確清楚的是，碩士論文的正文是必查部分，除此之外，碩士論文內(nèi)容的查重范圍還包括有論文封面、聲明、摘要、致謝、參考文獻和論文附錄等，如果將論文的開題報告也上傳了的話，也是會進行重復(fù)率檢測的。

對于碩士論文來說，檢測碩士論文重復(fù)率最準(zhǔn)確的論文查重系統(tǒng)是知網(wǎng)VIP論文查重系統(tǒng)，知網(wǎng)的數(shù)據(jù)庫比對查重范圍由以下數(shù)據(jù)庫構(gòu)成：中國學(xué)術(shù)期刊網(wǎng)絡(luò)出版總庫、中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫/中國優(yōu)秀碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫、中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫、中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫、中國專利全文數(shù)據(jù)庫、學(xué)術(shù)論文聯(lián)合比對庫、互聯(lián)網(wǎng)資源、英文數(shù)據(jù)庫、港澳臺學(xué)術(shù)文獻庫、優(yōu)先出版文獻庫、圖書資源、個人比對庫和學(xué)術(shù)論文聯(lián)合比對庫等。